Bagian pengasuhan santri adalah termasuk salah satu bagian yang dominan mewarnai aktifitas santri di pondok. Bagian ini bukan hanya membidangi pendidikan namun juga bimbingan santri secara keseluruhan yang mencakup penerapan disiplin, pembinaan-pembinaan keorganisasian, pembentukan mental dan karakter, peningkatan ibadah, hingga berbagai kegiatan ektrakurikuler penunjang pendidikan. Bagian yang langsung berada di bawah pimpinan Pondok Pesantren Al Iman, Drs.KH. Achmad Zawawi membawahi dua organisasi santri, yaitu:
1. Organisasi Santri Pondok Pesantren Al Iman Putra (OPPI), merupakan Organisasi santri KMI yang terdiri dari 20 bagian, yaitu: Ketua, Sekretaris, Bendahara, Bagian Pendidik dan Penasihat, Bagian Pengarah dan Pensyarah, Bagian Bahasa, Bagian Penerangan, Bagian Perpustakaan, Bagian Keterampilan, Bagian Kesenian, Bagian Olahraga, Bagian Koperasi pelajar, Bagian Kantin, Bagian Kesehatan, Bagian Kebersihan, Bagian Listrik dan Air, Bagian Dapur, Bagian Penerimaan Tamu, Bagian Laundry, Bagian Perawatan dan Pemeliharaan.
2. Koordinator Gerakan Pramuka, Yakni Organisasi Kepramukaan Santri KMI dengan 2 gudep Andalan tingkat Tsanawiyah ataupun Aliyah.
KMI merupakan bagian yang bertanggungjawab atas pelaksanaaan kegiatan akademis atau kegiatan Belajar Mengajar bagi santri putra pada jenjang pendidikan menengah dengan masa belajar 4 atau 6 tahun. Dimana kelas 1-3 KMI setingkat dengan Pendidikan Tsanawiyah, dan kelas 4-6 KMI setingkat dengan Aliyah. Dan saat ini telah terdapat 35 rombel. Bagian KMI ini dipimpin oleh Seorang Direktur KMI, yaitu: Ust. H. Iman Nur Hidayat, MA. Yang dibantu oleh beberapa bagian seperti Sekretaris, Bendahara, Bagian Pengajaran, Bagian Kesiswaan, Bagian pengembangan karir guru, Bagian Kurikulum dan silabus, Bagian Perpustakaan KMI, Bagian Supervisi guru dan Bagian Sarana dan Prasarana.
KMI merupakan lembaga pendidikan Islam yang membentuk kepribadian dan sikap mental serta penanaman ilmu pengetahuan dan sebagai tempat persemaian Guru-guru.
1. Program Pendidikan
Terdapat dua macam program yang ditempuh siswi KMI: Program reguler dan program Intensif/Experiment. Program reguler diperiuntukkan bagi santri lulusan Sekolah Dasar atau Madrasah Ibtidaiyah dengan masa belajar 6 tahun dengan mengikuti persamaan Ujian Negara baik Tsanawiyah pada kelas 3 maupun Aliyah pada kelas 6. Sedangkan program Intensif/Experiment adalah diperuntukkan bagi santri lulusan SMP atau MTs dan di atasnya dengan masa belajar 4 tahun.
2. Kurikulum
Penyusunan Kurikulum pengajaran di KMI berprinsip pada keseimbangan yang proporsional antara ilmu pendidikan agama dan pengetahuan umum, serta integrasi antara intra, ektra dan kokurikuler.
3. Kegiatan KMI
KMI mempunyai banyak kegiatan, ada yang bersifat harian, mingguan, tengah tahunan, tahunan serta kegiatan kokurikuler sebagai penunjang utama. Diantara kegiatan harian adalah bimbingan belajar malam. Kegiatan mingguan berupa pertemuan evaluasi guru, persidangan KMI, dan monitoring guru. Sedangkan kegiatan semesteran adalah ulangan umum, ujian tengah semester dan akhir semester. Dan diantara kegiatan tahunan adalah penataran guru, Ta’hilu durus, Ujian Akhir kelas Enam, kajian kitab kuning, pengarahan dan ujian praktik mengajar, pengarahan dan ujian Imamah khithobah, Rihlah Iqtishodiyah, dan lain-lain.
4. Fasilitas
Diantara fasilitas-fasilitas penunjang keberhasilan proses pembelajaran di KMI adalah: Perpustakaan santri, perpustakaan referensi untuk guru, Laboratorium komputer, perkantoran, ruang belajar yang representatif, dan berbagai alat peraga pengajaran.
Madrasah Tsanawiyah Al Iman berdiri pada tahun 1991 merupakan pendidikan formal yang kegiatan pembelajarannya melebur dengan pembelajaran di KMI. Siswa KMI yang sudah kelas 3 akan terdata untuk mengikuti Ujian Negara di bawah naungan Kementrian Agama Kabupaten sehingga siswa KMI nantinya memiliki ijazah MTs. Atau setara dengan SMP. Saat ini siswa MTs atau kelas 1 sampai kelas 3 KMI memiliki 25 rombongan belajar dengan jumlah siswa 1000 siswa dan berkurikulum K13 dengan Kepala Madrasah Hj.Dra.Arini Ulfah Hidayatin, M.PdI.
Madrasah Aliyah Al Iman berdiri pada tahun 1993 yang kegiatan pembelajarannyapun melebur dengan pembelajaran di KMI. Siswa KMI yang sudah kelas 6 akan terdata untuk mengikuti Ujian Negara dibawah naungan Kementrian Agama Kabupaten sehingga siswa KMI nantinya memiliki ijazah MA. Saat ini siswa MA atau kelas 4 sampai kelas 6 KMI memiliki 25 rombongan belajar dengan jumlah siswa/siswi 1000 siswa. Madrasah Aliyah Al Iman memiliki dua jurusan yaitu jurusan IPA dan IPS dan sudah berkurikulum K13 dengan Kepala Madrasah Zainal Fathoni, M.Pd.
Program Tahfidzul Qur’an merupakan salah satu program yang diminati oleh para santri. Salah satu sudut gedung di Pondok Pesantren Al Iman menjadi markaz Tahfidz dengan kegiatan setiap pagi dan sore hari murojaah bersama Ustadz pembimbing. Saat ini jumlah santri yang mengikuti program tahfidz berjumlah 30 anak dari berbagai jenjang kelas. Program tahfidz ini diharapkan mampu mencetak generasi qurani yang berakhlakul karimah dan dapat menjadi bekal untuk meneruskan pendidikan mereka ke jenjang yang lebih tinggi.